Den tidlige historie
Stockholm blev bygget på den strategisk vigtige handelsvej mellem vandene fra søen Mälaren til Østersøens åbne vand. På områdets højtliggende jord blev skibene omlastet, og det skabte grobund for aktivitet på det sted, der blev til en mindre bosættelse. Handelen med skibene drejede sig primært om produkterne jern, kobber og skind, som kom fra det indre land på den skandinaviske halvø.
Positionen som omlastningssted blev fortsat vigtigere, og det blev nødvendigt at befæste det centrale område, hvor der kun var få indbyggere. I 1250 opførte Birger Jarl en borg i det nu centrale Stockholm, og 1252 gav han byen købstadsrettigheder. Derved var byen grundlagt.
Stockholm vokser
Stockholm voksede særdeles hurtigt, og det skete ikke mindst på grund af den store handel på Østersøen, som blev anført af Hanseforbundet, hvis tyngde lå i de nordtyske købstæder. På kun cirka 100 år var Stockholm på dette tidspunkt blevet Sveriges største by. Byen var den absolut dominerende i regionen, og tidligere væsentlige bosættelser som Birka blev endegyldigt forladt.
Stockholm blev nævnt i Erikskrøniken, der menes at være skrevet i årene 1322-1332. Der blev refereret til Stockholm som byen mellem broerne, og den beskrivelse kan man ved selvsyn forstå den dag i dag.
Gamla Stan og nye bydele
Stockholm by, der lå i den nuværende Gamla Stan, blev udbygget hurtigt og på et tidspunkt overbefolket. Brande hærgede ofte, men byen blev hurtigt genopbygget i de smalle stræder, der stadig er bevarede. Tidens store byggerier var blandt andet Storkyrkan og tårnet Trekroner. I 1300-1400-tallene var presset på byens lille område dog så stort, at områderne Norrmalm og Södermalm blev udviklet. Derved blev konturerne etableret til det Stockholm, der er i dag.
I 1388 blev Stockholm belejret under den danske unionsdronning Margrethe I, og byen faldt i 1398. Unionen mellem Danmark, Norge og Sverige var en realitet, og dronningen lod en større bymur opføre. I slutningen af 1400-tallet havde Stockholm 5.000 indbyggere, hvilket var en anselig mængde efter datidens forhold.
I 1471 overvandt Sverige den danske unionshær i Norrmalm. Landet brød med Danmark-Norge, men kom igen ind i unionen i 1497-1502 under kong Hans. Kong Christian II erobrede igen Stockholm efter kong Hans, og i 1520 lod han 83 førende svenske mænd henrette på Stortorget under det såkaldte Stockholmske Blodbad.
I 1523 blev Gustav Vasa kronet som Sveriges konge og tiden under dansk styre blev afsluttet. Stockholm blev det svenske riges førende by og kongens residensstad. Stockholm blev dog først officiel hovedstad i 1614.
1500-1700-tallene
Med udgangen af 1500-tallet var Stockholm en befæstet by med residensslot, store kirker og i det hele taget en by i vækst. Dens og Sveriges potentiale magtede, at Sverige blev en stormagt i Østersøen i 1600-tallet, og Stockholm blev centrum for kongehus, militær og administration. Det medførte en kraftig vækst i indbyggertallet.
Trediveårskrigen udspillede sig i årene 1618-1648, og den kom til at betyde en opblomstring for Stockholm. Handelen steg, og der blev opført mange adelige palæer på blandt andet Riddarholmen.
Gennem hele århundredet flyttede flere folk til byen, og flere kvarterer blev udbygget. Omkring 1700 havde byen 45.000 indbyggere, store boligkvarterer, palæer og et kongeslot.
1700-tallet blev en stagnationsperiode for byen, der rundt om Østersøen mødte stigende konkurrence. Den kom hovedsageligt fra zar Peter den Stores anlæg af Sankt Petersborg som ny russisk hovedstad i 1703. I 1711 blev Stockholm ramt af en pestepidemi, der som vanligt gjorde et indhug i befolkningstallet.
I århundredet var der dog også videnskabelig og kulturel opblomstring i hovedstaden, og i slutningen af 1700-tallet, under kong Gustav III, fortsatte byen den positive udvikling, der for alvor var startet i 1600-tallet.
Modernisering og industrialisering
1800-tallet blev endnu en blomstrende tid for Stockholm. Byen blev genopbygget ved, at mange gamle kvarterer blev erstattet af nye og mere moderne. Der blev også opført en række offentlige bygninger og institutioner som fx hospitals- og uddannelsesanlæg.
Industrialiseringen satte også sit præg på byen. Fra 1860 blev der bygget jernbaner, og Stockholm fik fra 1877 et net af sporvogne. Byen udviklede sine industrier, og arbejderkvarterer som Sundbyberg og velhaverkvarterer som fx Djursholm fulgte med både industrier og stigende økonomisk aktivitet. I 1900 boede der omkring 300.000 mennesker i Stockholm.
1900-tallet til i dag
Gennem det meste af 1900-tallet befandt Stockholm sig i en opgangstid. I 1912 var byen vært ved de Olympiske Lege, og det satte for en tid den svenske hovedstad på verdenskortet for mange mennsker i hele verden.
Under begge 1900-tallets verdenskrige var Sverige neutralt, og derved kunne ødelæggelser undgås, og der blev etableret en relativ vækst i forhold til mange andre steder, der var mere direkte påvirket af krigshandlingerne. Væksten og den generelt stigende urbanisering medførte en stigning i indbyggertallet fra 500.000 i 1930 til en million i 1960.
I 1960erne blev store områder i Stockholm revet ned for at give plads til moderne byggeri. Af det er Sergels Torg det bedste eksempel; den centrale plads blev opført i det gamle jugendstilkvarter Klara. Moderniseringen har været meget omdiskuteret lige siden, men det har medvirket til at tilføre Stockholm en metropolstemning med store, moderne og til dels monumentale bygningsværker i centrum.
Gennem de seneste årtier er der gjort meget for løbende at udvikle Stockholm som en turistby på samme tid som en af Skandinaviens førende forretningsbyer. For turister er byens vandrigdom nu som ved grundlæggelsen i 1200-tallet fortsat det, der giver grundlag for mange aktiviteter, og byens smukke beliggenhed er da også uforglemmelig.