Byen grundlægges
På det stedet for Malmøs beliggenhed lå det allerede en mindre bonde- og kirkeby fra midten af 1100-tallet ved det nuværende Trianglen. Den egentlige by Malmø menes grundlagt i 1250erne som en befæstet kajplads ærkebiskop Jacob Erlandsen, der residerede i Lund cirka 20 kilometer nordøst herfra. Det oprindelige navn på bosættelsen var Malmhaug, der betyder malmhøjen, og byen lå på kirkens jorder væk fra den tidlige bondeby.
Storbyen i Danmark
Gennem tiden udviklede den strategisk velbeliggende by sig, og i 1400-tallet havde Malmø udviklet sig til at være en af Danmarks vigtigste og største byer. Her boede omkring 5.000 mennesker, og Hanseforbundet handlede regelmæssigt på byens markeder. Det var ikke mindst Øresunds rige sildefiskeri, der var byens store indtægtskilde. Det var også i 1400-tallet, Malmø fik sit byvåben. Det skete i 1437, hvor Erik af Pommern tildelte det i form af to griffer. Griffen præger stadig byens våben, og den kom fra kongens eget våbenskjold fra Pommern.
Kort forinden, i 1434, var et citadel blevet etableret syd for selve Malmø; det er det nuværende Malmøhus. Malmøhus blev suppleret af en række andre forsvarsværker, der gjorde den til mest befæstede i det nuværende Sverige.
1500-tallets opgør
I 1500-tallet kom protestantismen tidligt til Malmø. Reformationen slog igennem i årene 1527-1529, og dermed blev byen en af de første i Skandinavien til at bekende sig til Martin Luthers teser. Det var Claus Mortensen, der begyndte at prædike Luthers ord, og Malmø blev derved startskuddet på reformationen i Lunds stift.
Den borgerkrigslignende Grevens Fejde rasede i Danmark efter kong Frederik Is død i 1533. Malmø stod på linje med København på Christian IIs side mod indsættelsen af Christian III; byen frygtede blandt andet et adelsvælde og genindførelse af katolicismen. Efter fejdens tid i årene 1534 til 1536 accepterede Malmø Christian III og opnåede sine mål af netop selv at kunne vælge sine præster indenfor de protestantiske tro samt at friholde sig fra adelsstyre.
Tabet af Malmø og Skåne
1600-tallet blev omvæltningens store tid i Malmø. I sommeren 1644 belejrede Sverige byen, hvilket gentog sig året efter; begge gange uden større konsekvenser. De kom dog med Freden i Roskilde i 1658, hvor Danmark måtte afstå landsdelene Skåne, Halland og Blekinge, og med dem også Malmø. Senere i samme århundrede forsøgte Danmark at generobre ikke mindst Skåne, men den månedlange belejring af den skånske hovedby i 1677 endte uden succes, og Malmø forblev svensk.
1700-tallet og industrialiseringen
I begyndelsen af 1700-tallet var der cirka 2.300 indbyggere i Malmø, men dette tal faldt til omkring 1.500 i århundredets første årtier. Det skyldtes både pestepidemier og tab i krige, som kong Karl XII beskæftigede sig selv og landet med. 1700-tallet endte dog med stigende vigtighed og derved en større tilflytning, idet en moderne havn blev anlagt her.
Industrialisering kom til Malmø i 1800-tallet, som det var tilfældet så mange andre steder i Europa. En af de store industrier blev skibsbygning. I 1840 blev værftet Kockums åbnet, og det blev til et af verdens største værfter. Jernbanen underbyggede snart efter Malmøs position, idet den åbnede mod Lund i 1856. De følgende år blev Södra Stambanan åbnet, og via 483 kilometer og byen Katrineholm gav den forbindelse med hovedstaden Stockholm.
Flere industrier flyttede til byen, der voksede hastigt gennem århundredet. I 1870 var Malmø vokset, så den var Sveriges tredjestørste by; kun Stockholm og Göteborg var nu større, og ved udgangen af 1800-tallet boede der omkring 60.000 i den sydsvenske by.
Baltiska Utställning og 1900-tallet
I årtierne omkring år 1900 blev der bygget meget i Malmø, og mange større ejendomme skød op. Kontor- og beboelseshuse, kirker, en større banegård og et nyt centralposthus er blot få eksempler fra denne tid.
Den Baltiska Utställning blev holdt i sommeren 1914, og det var det største arrangement i Malmøs historie. Sverige, Danmark, Tyskland og Rusland deltog, og portene var åbne fra 15. maj til 4. oktober. 850.000 gæster besøgte stedet. Udstillingen var en industrimesse, men her var også en del med landbrug og en med kunst, og så var der desuden musik- og idrætskonkurrencer. Folkeligt var der forlystelser og restauranter.
Mange industrier skød også op disse år i byen, der omkring år 1900 havde passeret Norrköping i indbyggertal og dermed var blevet Sveriges tredjestørste by. Gennem 1900-tallet var værftet Kockums den mest kendte arbejdsplads i byen, og virksomhedens store kran var et symbol på arbejderbyen.
Mellemkrigstiden blev også en vækstperiode trods depression og økonomisk trange kår. Malmøs lufthavn, Bulltofta, var et af anlægsarbejderne i disse år. Efter 2. Verdenskrig fortsatte væksten, og mange nye forstæder blev anlagt og opført. Flere store begivenheder kom også til byen, der blandt andet var en af de svenske værtsbyer ved verdensmesterskaberne i fodbold i 1958.
De seneste årtier
Slutningen af 1900-tallet prægede først Malmø i negativ retning. Der var recession i landet i 1970erne, og det ledte til mange virksomhedslukninger og stigende arbejdsløshed. Den tidligere industrispydspids i byen, værftet Kockums, måtte med årene også lukke, og den nedgående spiral med vigende indbyggertal varede til midten af 1990erne, hvor en større revitalisering af byen blev igangsat. I midten af den værste krise i starten af 1990erne kom en folkefest dog til byen i form af en værtsrolle for nogle kampe ved europamesterskaberne i fodbold i 1992.
I 1998 blev et nyt universitet åbnet på Kockums tidligere værftsareal, og to år senere kunne Øresundsbroen indvies syd for byen. Med den blev vejen mod Danmarks hovedstad og Skandinaviens største by, København, etableret, og siden da har byerne sammen med oplandet udviklet sig som Øresundsregionen. De tidligere havneområder i Malmø er de seneste år blevet kraftigt udbygget, og i 2005 kunne den karakteristiske bygning Turning Torso indvies som byens moderne vartegn og et symbol på det fremadstræbende og moderne Malmø, der præger byen i dag.
