Grundlæggelsen og Ibrahim Lodi
Agras grundlæggelse er ikke dokumenteret til fulde, men det menes, at det var Sikander Lodi, der som sultan af Delhi formelt grundlagde byen i 1504. En lokal konge havde dog etableret stedet som bosættelse allerede i 1475. Med Lodi-dynastiets etablering af Agra kom udviklingen hurtigt i gang, idet Sikanders søn og arvtager, Ibrahim Lodi, regerede sultanatet fra den nye by efter sin magtovertagelse i 1517.
Tiderne som magtcentrum under Lodierne varede dog ikke længe, idet Lodi-dynastiet stod for fald. Centralasiatiske Babur drog med sine hære mod det nordlige Indien, og den 21. april 1526 blev det første slag ved Panipat udkæmpet mellem Ibrahim Lodi og Baburs tropper.
Slaget blev blodigt, og mod Ibrahim Lodis op mod tusind krigselementer kæmpede Babur med den tids moderne krudt og kanoner. Babur vandt slaget, mens Ibrahim Lodi blev dræbt, og derved var enden på hans dynasti kommet. Med Babur kom mogulkejserne til Indien og til Agra.
Mogultiden
Med mogulerne som regenter i det nordlige Indien var Agras position som politisk centrum ikke færdig. Babur lod store anlæg bygge i Agra, så allerede den første mogulkejser havde fokus på byen. Det var i denne tid, den formelle have nord for floden Yamuna og det senere Taj Mahal blev anlagt.
Under navnet Akbarabad gjorde kejser Akbar byen til sin hovedstad, og det var en status, der fortsatte under Jahangir og Shah Jahan. Akbar lod dele af Agra Fort opføre, og han lod også flere institutioner etablere, så Akbarabad blev et centrum for blandt andet kunst og uddannelse. Det var også Akbar, der etablerede Fatehpur Sikri udenfor sin by som en militærlejr.
Med Jahangir som kejser fik Akbarabad mange grønne anlæg i form at haver og parker indenfor murene af Agra Fort, og den arkitekturinteresserede Shah Jahan lod Indiens mest berømte bygningsværk opføre; Taj Mahal der stod færdigt i 1653.
Hovedstadens flyttes
Shah Jahan havde opført Taj Mahal til minde om sin elskede kone Mumtaz Mahal, men allerede i 1639 havde han anlagt byen Shahjahanabad, som er af de de mange byer, Delhi er grundlagt som gennem historien. Shah Jahan flyttede senere hovedstaden fra Akbarabad til Shahjahanabad, hvilket naturligt nok fik fokus og udvikling til at flytte til den nye hovedstad.
På trods af, at kejser Aurangzeb senere flyttede hovedstaden tilbage til Akbarabad og senere til Aurangabad, var det det senere Delhi, der var mogulernes foretrukne hovedstad til slutningen af deres regeringsæra. Efter mogulernes fald blev folk af Maratha-gruppen dominerende i byen, som de kaldte Agra.
British Raj
Agra blev en del af det britiske Indien, British Raj, i 1803, og det kom til forskellige styreformer i byen gennem de følgende cirka 150 år under Storbritannien. Den centrale magt i Agra var som tidligere etableret på det stort anlagte og stærkt befæstede Agra Fort.
I 1834 blev Agra Presidency etableret som en administrativ region i lighed med mange andre i regeringen af den store koloni. Denne konstruktion ophørte dog igen i 1836. På denne tidspunkt boede der knap fem millioner i regionen omkring Agra.
1830erne blev i det nordvestlige Indien også kendt som årtiet, hvor en forfærdelig hungersnød ramte; det såkaldte Agra Famine, hvor anslået 800.000 døde på grund i årene 1837-1838. Det var naturligvis noget, der satte præg på byen og befolkningen i Agra og i mange omkringliggende distrikter.
I 1850erne var Agra en større by med travle markedsgader. I hovedgaden lå forretningerne på stribe som vidne om en travl handelsby. Tiden var dog også en periode, hvor det kom til et oprør mod det britiske herredømme i 1857. Lokale militærenheder havde gjort oprør i Agra, hvor briterne måtte trække sig tilbage til byens fort. Briterne mistede en tid kontollen over byen, hvor plyndringer og anden uro fandt sted. De rebelske tropper vandrede dog mod Delhi, og derved kunne briterne realtivt nemt genskabe ro og orden og deres styre af byen.
Senere i den britiske tid blev Agras status som sæde for regionalregeringen, højesteret med videre flyttet, og derved begyndte en periode med nedtur for byen. En del af Agras seværdigheder blev tømt for diverse effekter, og derved var det en by i en form for forfald, som gik ind i 1900-tallet under fortsat britisk styre.
1900-tallet til til i dag
Gennem det 20. århundrede var Agra ikke politisk sæde, og turismen var endnu ikke udviklet, som den er i dag. I stedet voksede byen markant som industrielt centrum med blandt andet en del kemisk industri.
I dag er Agra et af Indiens største rejsemål for turister, der vil opleve enestående Taj Mahal, og det har givet byen ny udvikling af luksushoteller og andre former for turistprodukter. Taj Mahal står ikke alene som seværdighed, hvor Agra Fort og nogle af byens gamle mausoleer og britiske bygninger også medvirker til gode oplevelser og aktiviteter.
Rent fysisk er Agra og Delhi blevet forbundet af en motorvej, og der er også blevet investeret i jernbaner, lufthavnsfaciliteter og andet, der gør Agra nemt tilgængelig.
