Byens oprindelse
Bukhara er en af de gamle byer i Centralasien med en historie, der går flere tusind år tilbage i tiden. Arkæologisk kan byeni hvert fald dateres tilbage til år 500 f.Kr., hvor der var en bosættelse på den nuværende Bukhara Ark. Som en oase i ørkenen var Bukhara dog allerede beboet før dette, og det formodes, at der var mange beboelser langs floden Zarafshan. Omkring år 700 f.Kr. opstod den sogdianske kultur, og i år 500 f.Kr. var flere bosættelser blevet samlet på Bukhara Ark, hvor der også var etableret en mur herom, og derved opstod det, der blev til Bukhara.
Tidlige og skiftende herskere
Ved Bukharas start var området underlagt det persiske rige som vasalstat. Senere kom makedonske Aleksander den Store i 300-tallet f.Kr. under hans felttog fra Balkan mod øst, og den græske kultur kom naturligt nok til at sætte sit præg på Bukhara.
I byen var der også templer, og Bukhara var et kultsted for tilbedelse af gudinden Anahita. En del af den kultur var, at mange valfartede hertil ved gentagne festivaler, og dette gav grobund for en udvikling af den handel, der gennem Bukharas historie har sat stort præg på byen. Arkæologiske fund fra tiden er blandt andet guldmønter, der understreger Bukharas allerede daværende internationale handelsstatus.
Silkevejen
Den centralasiatiske handel har altid været associeret med Silkevejen mellem Europa og Kina, og efter det kinesiske Han-dynastis sikring af ruten i 200-tallet f.Kr. blomstrede den til nye højder.
Bukhara lå strategisk godt på Silkevejen, og her opstod et egentligt marked, der videreudviklede den i forvejen velhavende by. Karavanernes handel med ikke mindst silke voksede og tilførte Bukhara ny økonomisk formåen de kommende århundreder.
Denne positive situation varede til midten af 300-tallet, hvor Bukhara blev underlagt et styre af mongolske stammer. Det kom til nedgangstider for Bukhara, der dog oplevede en befolkningstilvækst og øget aktivitet i området fra det følgende århundrede.
Områdets religioner
I 500-600-tallene var flere religiøse retning repræsenteret i Bukhara. Det gjaldt hovedsageligt manikæismen og en form af kristendommen.
Muslimske hære invaderede det centralasiatiske område omkring Bukhara omkring år 650, og med sig bragte de islam. Som by var Bukhara multikulturel og multireligiøs, og hverken islam eller et arabiske styre vandt indpas før midten af 700-tallet. Det afgørende var Slaget ved Talas i 751, som gjorde araberne til herskere i Bukhara. Med det muslimske styre vandt islam efterhånden indpas og blev den dominerende religion.
Den nye hovedstad
Efter Slaget ved Talas blev islam stadig mere dominerende, og det samme gjorde de arabare, islam var kommet med. Det ændrede sig i 850, da Bukhara blev hovedstad af samanidernes imperium med Ismail Samani som første hersker; man kan fortsat beundre hans mausoleum i Bukhara.
Med samaniderne kom en persisk indflydelse i form af både kultur og sprog, og Bukhara rivaliserede med Bagdad som områdets vigtigste by. Under de persiske samanider blev Bukhara kulturelt og intellektuelt center i den islamiske verden, og det samme naturligvis sit præg og sin udvikling i byen.
Bukhara var i 900-tallet en af verdens største byer med en befolkning, der lå på omkring 300.000. Kun byer som Bagdad og Cairo havde tilsvarende størrelse. Prominente islamister arbejdede herfra, og i det mere taget var dette en storhedstid i Bukharas historie. Samanidernes tid som herskere sluttede i 999 med de tyrkiske karakaniders magtovertagelse.
Nye tider
Efter samanidernes æra blev Bukhara en del af karakanidernes tyrkiske stat, men det bremsede ikke byens udvikling. Det var fx Aslan Khan, der som karakanid-hersker beordrede opførelsen af den berømte Kalyan Minaret igangsat. Minareten var et samtidigt arkitektonisk mesterværk.
Nye tider og nye ledere kom til på skift gennem de følgende århundreder, og mest kendt er Djengis Khans ødelæggelse og erobring af Bukhara i 1220. Mongolerne indførte et nyt styre, der blandt andet bestod af embedsmænd fra Kina, som skulle sikre administration af den muslimske befolkning i Centralasien.
Djengis Khans efterfølgere regerede det mongolske rige, indtil krigsherren Timur i 1300-tallet overvandt styret og skabte sit eget storrige med udgangspunkt i nærliggende Samarkand. Bukhara blev erobret i 1363.
Timur skabte et rige, der strakte sig fra det nuværende Tyrkiet til Indien og fra Det Arabiske Hav til områderne nord for Kasakhstan. Han nedstammede fra mongolske krigere, og han betragtede sig selv som efterkommer og arvtager efter Djengis Khan.
Timur døde i 1405, og hans timuridiske dynasti regerede det usbekiske område til starten af 1500-tallet. Det skete som et samlet rige indtil og med Ulugh Beks regeringstid. Ulugh Bek var videnskabsmand, og han blev konge med fokus på lærdom; som er synligt tegn herpå grundlagde han tre koranskoler, hvoraf den ene fortsat kan ses i Bukhara. Senere blev riget opdelt, og der kom lokale regenter i fx Bukhara og Samarkand.
Khanatet Bukhara
De nye herskere i Bukhara grundlagde et khanat med centrum den gamle handelsby. Det var det usbekiske shaybanid-dynasti, der regerede, og under blandt andet Abdullah Khan i anden halvdel af 1500-tallet blomstrede Bukhara, hvor studerende og lærde kom til i stort volumen. Kunsten og litteraturen florerede, og der blev etableret flere skoler og et fornemt bibliotek i byen.
Shaybaniderne regerede til 1599, hvor Janid-dynastiet kom til magten. De kom fra Astrakhan og herskede over Khanatet Bukhara indtil 1747.
Emiratet Bukhara
I 1785 opstod Bukhara som et emirat mellem floderne Amu Darya og Syr Darya. Tidligere blev det kaldt Transoxiana med hovedstad i Bukhara, og emiratet bestod til 1920.
Emiratets udvikling startede med lokale embedsfolk, de såkaldte ataliqs, stigende magt i et svækket khanat gennem 1700-tallet. En ataliq havde stor magt som blandt andet tutorer fra khanernes børn, og de overtog den reelle magt, mens de lod nogle nogle khaner sidde som marionetter, før selve emiratet blev etableret.
Det Russiske Kejserrige ekspanderede gennem 1800-tallet, og Centralasien var et af områderne, der blev indlemmet i zarens imperium. Bukhara Khanat tabte et opgør mod Rusland i 1868, og Rusland erobrede emiratets territorium i årene 1868-1873. Emiren blev på sin trone underlagt zaren, og emiratet blev endda udvidet, idet emirerne støttede Ruslands kampe mod fx Khiva.
Under den russiske tid kom et opsving i økonomi med den russiske handel, og Bukhara blev forbundet med andre regioner gennem først Den Transkaspiske Jernbane til Krasnovodsk ved Det Kaspiske Hav og senere via Tasjkent til Orenburg i det europæiske Rusland. Bukharas station blev etableret sydøst for byen, og her etablerede den russiske administration byen Ny Bukhara, der havde russisk byplan, boliger, kirke, administration og andet, der hørte til administration af området.
Ny Bukhara havde nogle tusinde indbyggere, mens Bukhara selv havde en befolkning på omkring 70.000. Bukhara var omgivet af mure og bastioner, og her var mange madrassaer, moskeer og markeder. Centralt som politisk centrum i den gamle by lå Bukhara Ark som emirens residens og kontorer.
Den sidste emir
I 1911 blev emir Mohammed Alim Khan kronet som emir i kroningssalen i Bukhara Ark, og det skulle blive den sidste kroning i emiratets historie. Mohammed Alim Khan ønskede at fastholde sin magt, og oppositionen i emiratet sluttede sig til de sovjetiske bolsjevikker i kølvandet på den russiske revolution. I 1918 meddelte kommunistiske støtter, at byen var klar til at støtte bolsjevikkerne mod den konservative emir.
Bolsjevikkernes hær marcherede til Bukharas porte og forlangte overgivelse, men emiren forsvarede emiratet og Bukhara, der i sig selv aldrig for alvor var blevet annekteret af Rusland. Det skete ved at lade den russiske delegation henrette, ødelægge installationer som jernbanen mod den sovjetisk-kontrollerede Samarkand og generelt indlede en hellig krig mod alt russisk.
Den sovjetiske hær trak sig tilbage til Samarkand, men for emiren var det en stakket frist. Den 16. august 1920 besluttede bolsjevikkerne at styrte Bukharas emir, og blot 12 dage senere angreb byen. Det kom til hårde kampe, hvor den sovjetiske hær under ledelse af Mikhail Frunze var emirens støtter overlegen. Efter fire dages kampe blev emirens palads ødelagt, og det røde flag blev hejst i Kalyan Minaret, der var symbolet på Bukhara. Emiren flygtede til Afghanistan, og samme år blev Bukharas Folkelige Sovjetrepublik etableret.
Sovjetunionen til i dag
I 1925 blev det tidligere emirat optaget i Usbekistans Sovjetiske Socialistiske Republik, og dermed var området integreret i Sovjetunionen, der blev afløst af et selvstændigt Usbekistan i 1991.
Under den sovjetiske tid blev Bukhara og området omkring byen udviklet med nye kvarterer, landbrugsproduktion og andet, der industraliserede byen. Umiddelbart syd for Bukharas gamle bydel blev den nye sovjetiske by planlagt med brede gader, store pladser, en statue af statslederen Lenin og store offentlige byggerier som fx administration og boligblokke i den voksende by.
Bukhara er en ørkenby, og under Sovjetunionen blev stadig større dele af det tørre land opdyrket gennem kunstvanding. Bomuldsproduktionen steg betydeligt, hvilket fortsat ses i områderne omkring byen.
Store restaureringsarbejder blev iværksat under den sovjetiske tid, og disse er videreført under det selvstændige Usbekistan, der fortsat investerer i byen. Det sker fx i nye motorveje og videreførelse af højhastighedstoget Afrosiyob fra Samarkand til Bukhara.